Der Marktflecken an der Suhl dürfte das "Sulaha" sein, in dem Fulda bereits vor 900 Besitzungen hatte. Diese gaben es später an den Thüringer Landgrafen weiter, der es 1306 an Ludwig v. Frankenstein verkaufte. Doch schon 1317 musste dieser es an die Fuldaer Äbte wieder abgeben.

1440 taucht dann erstmalig der Name "Margtsula" in den Urkunden auf. Damals gehörte es zu Altenstein. Der Ortsnamenszusatz "Markt" weist auf die Bedeutung des Ortes im Suhltal hin, der an der alten Heerstraße gelegen sicher schon frühzeitig zum Marktflecken für die umliegenden Orte avancierte.

Im 15. und 16. Jahrhundert wechselten die Herren oft. Von Bedeutung für Marksuhl wurde Fürst Johann Ernst. Nach der Absetzung seines Vaters Herzog Johann Friedrich regierte er mit seinem Bruder Johann Casimir die geteilten Länder. Als Freund der Jagd wählte er das wald- und wildreiche Marksuhl als Residenz und ließ sich hier 1587 ein Schloss bauen. Dieses wurde 1591 fertig gestellt. Doch schon 1596 verlegte er seinen Sitz wieder nach Eisenach.

Marksuhl wurde in den Folgejahren schwerer als andere Dörfer der Umgegend durch Kriege heimgesucht. Im Dreißigjährigen Krieg auf der Heerstraße durchziehende Kroaten und Kaiserliche Truppen raubten, plünderten, branden und mordeten. Die Bevölkerung suchte in Eisenach oder im herrschaftlichen Schloss Schutz, doch oft vergebens. Die Bevölkerungszahl sank in der Folge dramatisch, Hunger und Pest taten ein übriges. Von 163 Häusern waren noch 31 am Kriegsende bewohnbar, der Ort zählte noch 44 Männer, Pferde und Vieh gab es so gut wie keines mehr in den Ställen.

Nur langsam konnte sich der Ort wieder erholen. Nicht nur von der Landwirtschaft lebten die Menschen damals, sondern man verdingte sich auch in Aus- und Vorspanndiensten, um die schweren Fuhrwerke über den Rennsteig zu ziehen. Der Rückzug der Franzosen nach der verlorenen Völkerschlacht von Leipzig 1813 brachte nochmals großes Leid über die Bevölkerung. Von 850 Einwohnern starben 171, die gesamte Gemeinde stand wiederum vor dem Nichts. Schon früh besaß Marksuhl eine Kirche, angeblich bereits um 1031 (Döbel). Doch nachgewiesen ist das Jahr 1454 als Bauzeit des Turms.

Alle wichtigen Straßen treffen am Markt aufeinander, wo auch heute noch wie einst eine Linde steht. Doch bis 1825 soll hier eine der schönsten und mächtigsten Dorflinden gestanden haben, mit weit ausladenden Ästen, die durch dicke steinerne Säulen gestützt wurden.